南沙太平島新建碼頭設施，
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，因為可靠泊軍艦與救難船，
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，在戰略效益上比飛機跑道來得高，
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，在討論興建位置過程中，
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，學界建議採行「機港合一」，
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，新建碼頭結構設計，
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，與跑道末端共構，
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，將跑道延長與碼頭興建工程一次完成，
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，避免太平島生態未來再遭跑道延長工程衝擊。但因預算龐大，
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，這項意見遭到否決。
按照國安單位構想，太平島交通基礎建設工程，先興建大型碼頭後，才能將大型機具運送上島，將現有1200公尺簡易跑道，向海灘及淺海延伸300到500公尺。海巡署主導太平島新建碼頭，曾有學界建議，應將機場跑道延長與碼頭工程一次完成。
學者建議，因應未來延長跑道的計畫，興建碼頭應同時以墊高方式，將新建碼頭與跑道西側末端共構，將位於西側的機場跑道，延伸入海350公尺，成為碼頭聯絡道的一部分。
官員說，這種施工經費增加數十億元，填海造陸需要環評，經設計顧問公司評估，這次太平島工程，仍定為獨立新建港口碼頭設施、整修補強機場跑道排水設施，33餘億元預算中，有4000萬元預算強化跑道排水設施工程。
官員表示，國防部認為機場經加強排水工程後，有助放寬C-130H運輸機起降標準，延長跑道工程預算龐大，仍待碼頭興建完成後，再行考量。，