「就制度面而言，
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，立法院最為人詬病的，
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，是政黨協商制度」，
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，台大政治系主任王業立說，
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，朝野協商是台灣「密室分贓的保護傘」，
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，其位階凌駕在專業分工的委員會甚至院會之上，決定絕大多數的重要法案，根本「本末倒置」。台大政治系副教授張佑宗主張，廢除朝野協商才是國會改革的根本之道。
對於在野黨主張朝野協商能保障小黨的議事權力，張佑宗批評這是「似是而非」的觀念。他說，在野黨應花時間提出對案，和執政黨的主張併案審查，在委員會中好好討論。
王業立說，朝野協商制度存在十多年有其原因，不可能馬上廢掉，目前只能努力降低弊端，並健全委員會運作。他主張，委員會的決議不應送朝野協商，為避免密室政治，應對協商內容留下正式會議紀錄，張佑宗主張應全程錄音、錄影並對外公開，讓國會接受監督、對選民負責。
其次，王業立提議將「共識決」改為「多數決」，避免重要法案遭少數人「綁架」，以及將協商冷凍期由一個月縮短為兩周等，逐步達成國會改革的最終目標，讓立法院「回歸正軌」。
張佑宗說，協商過程不公開，容易淪為密室政治，讓朝野政黨私下交換政治利益，形成「黑盒子」。
他表示，朝野協商源自劉松藩擔任立法院長的時代，當時有其歷史背景，但既然時過境遷就應該廢除，以免給予立法院長、各黨團黨鞭太大權力。「如果幾個黨鞭就可決定政策，不是違反民意嗎？」
王業立表示，朝野協商很大程度上必須仰賴主持者的個人魅力，若非在政壇有地位、夠分量的人物，很難發揮制度功能；相對地，主持者也希望透過此平台，發揮影響力、鞏固自身權勢。
根據目前制度，經委員會審查決定的內容，在朝野協商時很可能被全盤推翻，但王業立認為，專業分工的委員會才應是政策辯論、審查議案的主要場域；張佑宗同樣主張立法應回歸「委員會中心主義」，讓法案好好審理、討論。，