政院版兩岸協議監督條例納入重啟協商條文，
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，而民間版在協商前即可介入，
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，陸委會主委王郁琦指出，
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，國會就協議進行包裹表決是各國慣例，
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，民間版有立法權凌駕行政權問題，
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，而重啟協商絕非我單方面可決定。
針對政院版第十七條納入重啟協商內容，
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，王郁琦解釋說，
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，民主國家的審議程序就是最後要表決，
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，像民間版援引南韓規定也是，
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，行政權去向國會報告，國會做出希望行政權改進事項的決定，行政權盡最大努力達成，並非國會作了決議，行政部門就應接受。
王郁琦再以現服貿協議為例指出，因去年六月朝野協商認為要逐條審議逐條表決，但實際上如果有任何一條表決未通過，其效果跟整個協議都沒有過是一樣的，結果都要重談，所以政院版仍採包裹表決。
對民間版事前協商階段即有重啟協商設計，王郁琦指出，朝野版本在事後監督階段均有重啟協商設計，但民間版第八條，還規定在協議未簽署前，立院得決議要求行政權重啟協商，這就是立法權凌駕行政權的地方。
至於重啟協商的後果，王郁琦指出，服貿協議因屬重大協議，無法以不重要就算了來解決，但重啟協商也非我單方面要重啟即可，一定要雙方都願意才行，對行政部門來講，是因協議被否決，只好去發動重啟協商。
王郁琦表示，重啟協商的確是非片面可決定之事，對此目前尚未發生的假設性問題，只能說大陸方面目前就重啟協商的表態都還算滿低調的。
對於未來定案版本對兩岸關係影響，王郁琦評估認為，若是以政院版為主並參採部分其他版本不違反憲法的相關精神，對兩岸關係基本上未產生負面影響，「萬一」通過的是尤美女委員為主的版本，以其國家定位與設計的運作機制，兩岸關係未來令人憂慮。 ※延伸閱讀》
‧兩岸協議監督條例 政院版vs.民間版
‧兩岸協議處理及監督條例全文，