廉政署成立後，
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，調查局肅貪案件逐年下滑，
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，為了讓機關定位更鮮明，
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，調查局今天將成立企業肅貪專科，
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，專責辦理企業貪腐案件，
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，由新任經濟犯罪防制處長林玲蘭領軍督導，
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，目前已有指標性案件蒐證中。
以往政風及調查局體系架構，
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，是行政人員與司法警察的合作關係，政風單位負責前段線索提供，調查局負責後段蒐證；廉政署成立後，政風不再提供資料給調查局，而是給同屬法務部檢察體系的廉政署。
調查局與廉政署是國內兩大肅貪機關，業務職掌卻高度重疊；如今廉政署占有肅貪優勢，調查局為了凸顯定位，決定將主力著眼於經濟犯罪。
所謂企業肅貪，其實就是證券交易法的背信罪，近年有名的案例，包括ＨＴＣ首席設計師簡志霖商業間諜案、鴻海集團ＳＭＴ副主委廖萬成涉及的「賄賂門案」；這兩案都是企業主直接向調查局檢舉。
不過仍有不少中小企業會將企業肅貪誤認是貪瀆案件，調查局成立企業肅貪專科，希望外界清楚知道權責單位的歸屬。，