立法院朝野黨團5月31日協商會計法99條之1，
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，依據立法院職權行使法，
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，這場協商過程多處不符合立法院自己修定的協商規定，
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，依據第70條規定，
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，立法院秘書長必須指派人員，
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，針對協商過程進行錄影、錄音、記錄，
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，但是朝野黨團違反這項規定，
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，沒有留下協商過程任何紀錄。依據第71條規定，協商結論必須由黨團協商代表簽名，立委拒簽協商結論。卻出現別人代簽名，甚至不在場立委，也有人代簽。
朝野協商明訂在立法院職權行使法，是有法定效力的。立法院過去朝野協商結論，都必須由各黨團代表本人簽字認可，並經院會宣讀，才算完成法定程序，但最近出現許多協商代簽造假的混亂情況。曾有一次協商後，一位立委幫民進黨立委邱議瑩代簽名，卻不會寫「議」這個字，議事人員提醒怎麼寫，但立委還是用注音符號代替議字，用注音符號代簽名，究竟算不算有效，其實很有爭議，但立委也隨便認定，沒有追究這次協商的法定效力。
會計法修法爭議太大，協商時，國民黨立法院黨團書記長賴士葆拒絕簽名，台聯黨團幹事長黃文玲根本沒參加協商，書面協商結論有兩人名字不是本人簽署，明顯違反立法院職權行使法。協商過程也沒有依據立法院職權行使法，進行錄影、錄音、記錄，朝野黨團就在不符合職權行使法的程序下，仍然提出有爭議的協商結論。
據了解，協商會計法時，賴士葆當場表達無法接受，其他朝野立委為了趕時間，曾討論可否由其他國民黨團幹部簽名就算有效，但也有人堅持還要蓋黨團印章才算數。賴士葆認為蓋黨團章，也等於是他同意，所以立刻離開協商，別的國民黨立委代簽賴的名字。黃文玲沒有參加協商，被告知別人幫她代為簽名。
立法院議事處表示，議事處負責確認協商結論的簽署人數、資格是否符合，對於代簽是否具備效力，不便評論。據了解，立法院朝野黨團都會在新任幹部產生後，發文給立法院議事處，說明能夠代表黨團簽署協商結論的立委名單，必須黨團幹部全數簽名，才算有效，代簽並不符合規定。
雖然依法，朝野協商要全程錄影、錄音、記錄，但立法院公報處表示，會計法協商當天，沒有接到派員對協商過程錄影、錄音的通知。也就是說，這場協商過程，沒有依法進行，外人無法得知詳細過程。，